La Encomienda es un ejemplo de la arquitectura civil del s. XVIII. Esta construcción perteneció a la Orden de San Juan de Jerusalén, que la utilizó de granero.
Construida por el maestro alarife D. Diego Gutiérrez, entre los años 1730 y 1731, según consta en el Libro de Visitas de 1736:
“Mas doy por mejora treinta y un mill, y vintte y un reales siette maravedís de Vellón q. an tenido de Costta y se an gastado en la redificación del quarto de graneros que se fabricó en los años pasados de mill setecientos y treinta, y setecientos y treinta y uno por dicho Diego Gutiérrez, en el sitio que ocupava el mesón y un granero pequeño, con comunicación, a la casa Palazio por la falta que dha. Encomienda tenía de graneros y la ninguna utildad q. sele seguía dela existencia de dho. mesón cuio quartto tiene treinta y tres varas de largo con tres determinados en su altura y en disposizión de poderle dar quatro siendo de fábrica la mayor duración con esquinas y rafas de ladrillo, y los cajones de piedra y mezcla de cal con ventanas y rejas en los primeros detterminados…”.
Como material constructivo se usó el ladrillo, reflejando la influencia mudéjar de la época al Sur y Sureste del país, material que da, a la par, un aspecto singular al edificio. La ausencia de decoración y balconaje acentúan la severidad de su alzado, adquiriendo éste un carácter equilibrado y utilitario, contrastando con el estilo rico y decorativo que se daba en España en las primeras décadas del s. XVIII.
En su interior, la planta baja presenta una hilera de arcos de medio punto, también de ladrillo, que aseguran la estructura del inmueble, mientras la parte superior, muestra una cubierta de madera de parhilera con limas. Si en la fachada podemos observar todavía el ladrillo, en su interior este material fue recubierto con un enlucido de yeso.
En 1986, el edificio sufrió una restauración, cambiando el aspecto interior con respecto al original. En el último año, 2008, ha sido nuevamente reformado, añadiéndosele una nueva entrada y sala de exposiciones temporales, llamada “Sala del Comendador”.
Actualmente el Museo consta de tres plantas entre las cuales estan distribuidas el grueso de la colección de piezas que posee, en la planta baja esta ubicado todos los restos arqueologicos hallados y donados por particulaes al museo, siendo piezas que van desde la prehistoria hasta la tardoantigüedad.
En la segunda planta del museo encontramos algunas de la piezas encontradas en el yacimiento arqueologico de Villa Vieja de la misma localidad, esta planta esta enteramente dedica a todo lo relacionado con este yacimiento y sus hallazgos.
Por último la tercera planta esta dedica a la geologia, con multiples tipos de minerales que están expuestos.